O Parque das Dunas possuem 12 lagoas perenes e diversas intermitentes, constituindo-se em ecossistemas ambientais, visto que, as lagoas são importantes reservatórios de água que são essenciais para a sobrevivência de muitas plantas e animais. Com relação à flora, esses ecossistemas são um ambiente perfeito, pois possui uma alta riqueza de espécies e constituem-se como áreas extremamente produtivas, funcionando como interface entre os sistemas terrestre e aquático e abrigando diversas condições ambientais que favorecem essa abundância.
“É importante ressalta que as lagoas do parque são referencias como laboratórios e estudo para recuperação de lagoas do ecossistema de restinga do litoral da Bahia, pois, esses estudos ressalta sobre essa diversidade aquática”, Diz Jorge Santana.